圆觉寺是在1246年（宽元4年），大觉禅师（兰溪道隆）从宋朝前来大宰府（当时的行政机关）之际，当时的镰仓幕府第五代统治者北条时赖在矢仓门（目前的祇园町）建造的一座雄伟寺院。然而，在之后的战乱中，寺院全部被烧毁。

此后在1636年（宽永13年），迁移寺院地基至圣福寺内重建，成为圣福寺内的其中一座寺院。

福冈藩士立花实山将圆觉寺写入了亲自执笔的《南方录》，作为南方流茶道与禅宗道场而知名。