妙典寺是1381年（永德元年）由本成院日圆上人在柳川建造。立花宗茂的家臣荐野增时将寺院作为立花家的菩提寺迁移至现址。1603年（庆长8年）4月25日，京都妙觉寺的僧人日忠与在当地传播基督教的传教士旧泽等人进行了宗教辩论，史称“石城问答”。在辩论中胜出的日忠从首代福冈藩主黑田长政处得到了教堂的土地，并建造了正兴山胜立寺（中央区天神4丁目）。