圓覺寺是於1246年（寬元4年），大覺禪師（蘭溪道隆）從宋朝前來大宰府（當時的行政機關）之際，當時的鐮倉幕府第五代統治者北條時賴在矢倉門（現今祇園町）建造的一座宏偉寺院。然而，在之後的戰亂中，寺院全都被燒毀了。

而後在1636年（寬永13年），遷移寺院地基至聖福寺內重建，成為聖福寺內的其中一座寺院。

福岡藩士立花實山將圓覺寺寫進了親自執筆的《南方錄》，因身為南方流茶道與禪宗道場而聞名。