妙典寺是1381年（永德元年）由本成院日圓上人在柳川建造的。立花宗茂的家臣薦野增時將寺院作為立花家的菩提寺遷移至現址。1603年（慶長8年）4月25日，京都妙覺寺的僧人日忠與在當地傳播基督教的傳教士舊澤等人進行了宗教辯論，史稱「石城問答」。在辯論中勝出的日忠從首代福岡藩主黑田長政處得到了教堂的土地，並建造了正興山勝立寺（中央區天神4丁目）。