엔가쿠지는 1246(간겐 4)년 다이가쿠젠지(란케이도류)가 송에서 다자이후에 왔을 때, 당시의 가마쿠라막부 5대 집권인 호조 도키요리가 대가람을 야구라몬(현재의 기온마치)에 창건했습니다. 그러나 당시의 전란과 병화로 사원이 전부 소실되었습니다.

그후, 1636(간에이 13)년에 쇼후쿠지의 경내로 바탕을 이전시켜 재건하여, 쇼후쿠지의 탑두사원이 되었습니다.

엔가쿠지는 후쿠오카번의 중신인 다치바나 지쓰잔 자필의 '남방록'이 전승되고 있으며, 남쪽 식이 차와 선의 도장으로 알려져 있습니다.